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La chiesa di Santa Maria delle Rose sorge sulle fondamenta del muro romano che corre dietro il Tempio di Minerva, per questo è chiamata Santa Maria del Sopramura e anche Santa Maria Minore per distinguerla da Santa Maria Maggiore in Piazza del Vescovado.

All’inizio dell’Ottocento, l’architetto Antolini vi scoprì i resti di un tempio pagano – forse dedicato a Mitra o a Vesta – che si troverebbe sotto il pavimento che oggi ospita la struttura Alpha Omega dell’ Esposizione MARIA.

I resti del tempio pagano indicano che il tempio esisteva già prima della ricostruzione carolingia della città nell’VIII secolo.

Le ricerche di Arcangelo Papi, avvocato, archeologo, evidenziano una lapide di epoca umbra risalente al III-II secolo a.C. La lapide rivela due “storie” accoppiate tra loro, lo si coglie dall’esame dei dettagli, notevoli e sorprendenti. a sinistra appare il duplice volto di una divinità notturna e a destra un’epifania diurna che avviene in un bosco, a causa della caduta di un meteorite (molti sono raccolti ad Assisi).

Questa lapide rappresenta l’intreccio del fregio interno che orna il timpano del magnifico Tempio di Minerva di Assisi, a una quota immediatamente inferiore alla terrazza che sovrasta Santa Maria delle Rose, un’area archeologica più nascosta nel tessuto urbano, ma facilmente raggiungibile. L’antico arco umbro-romano di Santa Maria delle Rose è perfettamente orientato a sud, verso Roma.

L’indicazione precisa del luogo è l’area archeologica di Santa Maria delle Rose insieme ad altre immagini significative, fanno pensare all’ingresso trionfale di un “bosco sacro” e non a una porta urbana dell’antica cinta umbro-romana nella parte alta della città (Assisi quadrata)

I primi documenti risalgono al 1198, quando la chiesa fu assegnata da Papa Innocenzo III ai possedimenti del vescovo di Assisi. Una targa sulla facciata ricorda che il vescovo Marco Palmerini la riconsacrò nel 1726.

L’aspetto religioso: antica chiesa templare, (s’intravede una croce su pietra all’ingresso che ne attesta il possesso), di cui i primi documenti risalgono al 1198 e fu assegnata da Papa Innocenzo III al Vescovo di Assisi, facente parte dello Stato della Chiesa.